Ban Chỉ đạo làm việc theo nguyên tắc tập trung dân chủ, tập thể thảo luận, Trưởng Ban Chỉ đạo kết luận để triển khai thực hiện. Các thành viên Ban Chỉ đạo chủ động thực hiện nhiệm vụ, tăng cường phối hợp công tác, trao đổi thông tin trong giải quyết công việc theo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao.
Ban Chỉ đạo làm việc theo hình thức: tổ chức cuộc họp định kỳ; họp đột xuất; tổ chức hội nghị, hội thảo; cho ý kiến bằng văn bản; tổ chức các đoàn kiểm tra, giám sát, đôn đốc. Ban Chỉ đạo họp định kỳ 03 tháng/01 lần, họp đột xuất khi cần thiết, sơ kết 6 tháng. Định kỳ theo kế hoạch hoặc đột xuất, Trưởng ban Ban Chỉ đạo sẽ triệu tập các cuộc họp của Ban Chỉ đạo, hoặc chỉ đạo thành lập các đoàn kiểm tra, giám sát để giải quyết công việc theo quy định.
Ngoài việc thực hiện các nhiệm vụ giúp việc cho hoạt động của Tiểu Ban S.T.I.D thuộc Ban Chỉ đạo của Chính phủ về phát triển S.T.I.D và Đề án 06, Cơ quan thường trực (Cục Chuyển đổi số quốc gia) của Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ xây dựng, trình Trưởng Ban Chỉ đạo ban hành chương trình, kế hoạch công tác, kiểm tra, giám sát hằng năm của Ban Chỉ đạo và theo dõi, đôn đốc việc tổ chức thực hiện; tham mưu, đề xuất với Lãnh đạo Ban Chỉ đạo để đề xuất với các bộ, ngành, địa phương và các cơ quan, tổ chức liên quan nhằm tháo gỡ các vấn đề khó khăn, vướng mắc trong quá trình thực hiện các chủ trương, chiến lược, cơ chế, chính sách độ S.T.I.D. Đồng thời là đầu mối tiếp nhận, tổng hợp thông tin, số liệu, báo cáo của các cơ quan, đơn vị về tình hình triển khai các nhiệm vụ được giao theo Kế hoạch hoạt động của Ban Chỉ đạo, các nhiệm vụ được giao tại các buổi họp của Ban Chỉ đạo và giúp tổng hợp thông tin về kết quả, tình hình phát triển S.T.I.D của các bộ, ngành, địa phương để báo cáo Ban Chỉ đạo...
CT