Trong nền y học ngày nay, đôi khi các xét nghiệm mục tiêu không hỗ trợ chẩn đoán trong những trường hợp bệnh hiếm gặp, bệnh không điển hình hoặc có diễn tiến phức tạp. Metabolomics là một giải pháp mới giúp chúng ta thấy được bức tranh toàn cảnh và tìm ra nguyên nhân hiếm gây bệnh, giúp tiết kiệm thời gian và công sức, giảm chi phí liên quan đến các xét nghiệm vô ích, chi phí nằm viện và hao tổn trong thời gian trì hoãn công việc do bệnh tật, từ đó có thể bắt đầu liệu pháp điều trị tối ưu hơn.